Klassifikatsioon looduslike märkide järgi
Linnaeus ei pidanud seksuaalset süsteemi oma peamiseks panuseks botaanika reformeerimisse, mille poole ta püüdles. Tema peamine kaastöö oli voldiku Fundamenta Botanica (1736; “Botaanika alused”) vormis, mis sõnastas põhimõtted ja reeglid, mida taimede klassifitseerimisel ja nimetamisel tuleb järgida.
1735. aastal kohtus Linnaeus Boerhaave'iga, kes tutvustas Linnaeust George Cliffordile, kohalikule inglise kaupmehele ja pankurile, kellel olid tihedad sidemed Hollandi Ida-India ettevõttega. Linnaeuse teadmistest muljet avaldades pakkus Clifford Linnaeusele oma botaanikaaia kuraatori ametikoha. Linnaeus nõustus seisukohaga ja kasutas seda võimalust Fundamenta Botanica teatud peatükkide laiendamiseks eraldi väljaannetes: Bibliotheca Botanica (1736; “Botaanika raamatukogu”); Critica Botanica (1737; “A Critique of Botany”) botaanilise nomenklatuuri kohta; ja klassid Plantarum (1738; “Taimede klassid”). Ta rakendas neis raamatutes sätestatud teoreetilist raamistikku veel kahes väljaandes: Hortus Cliffortianus (1737), mis on Cliffordi kollektsioonis sisalduvate liikide kataloog; ja Genera Plantarum (1737; “Taimede sugukond”), mis muutis ja ajakohastas Tourneforti esmakordselt pakutavate taimeperekondade määratlusi.
Genee Plantarumit pidas Linnaeus oma kroonikaksonoomiliseks saavutuseks. Vastupidiselt teiste botaanikute varasematele üldise määratlemise katsetele, mis toimusid suvaliste jaotuste kogumi alusel, esitas Genera Plantarum süsteemi, mis põhineb sellel, mida Linnaeus nimetas perekondade loomulikeks tegelasteks - lille ja puuvilja kõigi osade morfoloogilisi kirjeldusi. Vastupidiselt meelevaldsetel jagunemistel põhinevatele süsteemidele (sealhulgas tema enda seksuaalsüsteemile) võiks looduslikel tähemärkidel põhinev süsteem vastu võtta üha enam uusi liike, millel on sageli erinevad morfoloogilised tunnused ja mis voolab Euroopasse oma välinetest positsioonidest ja kolooniatest.
Linnaeuse eristamine organismide kunstlikust ja looduslikust klassifikatsioonist tõstatas aga küsimuse mehhanismist, mis võimaldas organismidel langeda looduslikesse hierarhiatesse. Sellele küsimusele oskas ta vastata ainult liikide osas: liigid olid Linnaeuse sõnul vormilt sarnased, kuna pärinesid samast vanemlikust paarist, mille maailm oli Jumala loodud. Paljud tema kaasaegsed jagasid sarnast liigikontseptsiooni. Üks selliseid tähelepanuväärseid isikuid oli prantsuse loodusteadlane Georges-Louis Leclerc de Buffon, kes tegeles sel ajal sarnase kõikehõlmava loodusloome projektiga - ehkki Buffon kahtles looduslike perekondade, ordude või klasside olemasolus. Linnaeus püüdis selgitada nende jaotuste olemasolu hübridiseerumise kontekstis; looduslike hierarhiate küsimus ei saa siiski rahuldavat vastust enne, kui inglise loodusteadlane Charles Darwin selgitas sarnasust oma päritolu liikides (1859).
