1980ndatel ja 90ndatel läbis Sixtuse kabel pika ja põhjaliku restaureerimisskeemi, mida toetas Jaapani televisioonikorporatsioon ja mida viisid läbi Itaalia ja rahvusvahelised tipptasemel eksperdid. Puhastamine eemaldas freskodest sajanditepikkuse räme, tolmu ja küünla suitsu ning paljastas ootamatult säravad värvid, mis on osaliselt vastuolus Michelangelo meistriteose kuulsate skulpturaalsete omadustega. Tuline poleemika - kaasates hulgaliselt restaureerijaid, kunstiteadlasi ja seotud valdkondade eksperte - ümbritses projekti projekti algusest peale. Arutelus keskenduti ühele suurele küsimusele: kas Michelangelo muutis oma päeva fresko maalijate kombel oma valmis fresko secco (kuiva) värviga pärast krohvi kuivamist? (Fresko maalikunstnikud tegid seda tavaliselt vigade parandamise, tööde täpsustamise ja pigmentidega, mis ei talunud veega kokkupuudet.) Ja kui jah, kas restauraatorite poolt iga kihi eemaldamine kuni freskokaunistatud krohvini võltsis kunstniku kavatsusi ? Sel juhul näivad taastajate poolt eemaldatud varjud, parandused ja liimid olevat eelmiste taastamiskampaaniate tulemus. Kui Sixtuse kabeli taastamise poleemikat ikka vahel arutatakse, ei arva kunstikonservaatorid seda enam probleemiks.
