Jaapani õigeusu kirik, Ida-õigeusu kiriku autonoomne keha, kanoonilises seoses Moskva patriarhaadiga, mis kinnitab Tokyo suurlinna valimist. Jaapani õigeusu kirik loodi silmapaistva misjonäri Nikolai Kasatkini (1836–1912) pingutustega, kellest sai esimene Jaapani õigeusu peapiiskop ja kes kanoniseeriti pühakuks 1970. aastal.
Misjoni algusest (1872) alates ei sõltunud kirik kunagi misjonäridest. Jaapani preestrid ordineeritakse pärast koolitust Tokyos asuvasse seminarisse ning vaimulike ja ilmikute kogu kontrollib kiriku asju täielikult. See Jaapani õigeusu õiglane põliselanik lubas tal üle elada mitu poliitilist katsetust ja isolatsiooniperioode, näiteks Venemaa-Jaapani sõda ja kahte maailmasõda. Aastatel 1945– 1970 oli kirik Venemaa Ameerika suurlinna kirikliku jurisdiktsiooni all. 1970. aastal sai see Moskva patriarhaadilt, oma emakirikult, alalise autonoomse põhikirja. Tokyo õigeusu katedraal, mille asutaja Nikolai Kasatkini nimeliseks nimeks Nikolay katedraal, on Jaapani pealinna üks suurimaid usuhooneid. Umbes 30 000 liikmega kirikul on piiskopkonnad Tokyos, Kyōtos ja Sendai.
