Kui Nõukogude võimud tulid Lääne-Turkestanis võimule, lubades võrdsust ja arengut kõigile etnilistele rühmadele, omandasid Kõrgõzstani elanikud 1924. aastal oma autonoomse piirkonna. 1926. aastal tõsteti see autonoomse vabariigi staatusesse ja 1936. aastal sai sellest liit. vabariik NSV Liidus 1953. aastal võttis Kirgizi NSV vastu Nõukogude Punase Riba muudetud versiooni, lisades selle keskele valge äärisega sinise horisontaalse riba. Pärast Kõrgõzstani iseseisvuse väljakuulutamist 31. augustil 1991 jätkas ta Nõukogude lipu kasutamist kuni 3. märtsini 1992.
Uue, tänapäevalgi kasutatava lipu taust on samuti punane, kuid väidetavalt tuleneb see Kõrgõzstani kangelase Manase üllas kantud lipust. Lipu keskel on kollane päike 40 kiirtega, mis vastab Manase järgijatele ja hõimudele, keda ta ühendas; selle edasised sümboolsed omadused on valgus, aadel ja igavik. Sellel päikesel on punase ja kollase värviga embleem, millel on kaks ristuvat kolme joonega komplekti, kõik rõnga sees. See on stiliseeritud vaade Kõrgõzstani traditsioonilise kodu - jurta - katusele. Vähesed Kõrgõzst elavad endiselt jurtides, kuid kuni 20. sajandi keskpaigani seadis enamik neist nomaadidest jurte juurte kuhu iganes. Selle kujunduse sümboolne tähendus on keeruline: lipuseadus räägib elu päritolust, aja ja ruumi ühtsusest, Kõrgõzstani ajaloost, solidaarsusest ning ahjust ja kodust.
