Moldova kuulutas iseseisvuse I maailmasõja ajal. Varasemate sajandite jooksul oli see osa Moldovast, Venemaast, Ottomani impeeriumist ja Rumeeniast ning selle sümbolid on pärit ajaloolistest ja kultuurilistest sidemetest Moldova ja Rumeeniaga. Selle 1917. aasta detsembri lipp oli traditsiooniline Rumeenia kolmevärviline sinine, kollane ja punane horisontaalvormingus. Keskel oli aurokide juht, kustunud Euroopa härg. See lipp lendas ainult lühidalt, kuna Moldova liideti Rumeeniaga aprillis 1918. Nõukogude Liit omandas Moldova 1940. aastal ning pärast Saksa ja Rumeenia okupatsiooni 1944. aastal taastati Moldova Nõukogude Sotsialistlik Vabariik. Selle omapärane lipp, mis võeti vastu 1952. aastal, lisas rohelise horisontaalse riba läbi Nõukogude Punase Riba keskosa. Öeldakse, et Green seisab piirkonna viinamarjakasvatuse ja muu põllumajandustegevuse eest.
1989. aastaks oli Moldovas tugev agitatsioon kommunistliku võimu vastu ja sini-kollakas-punane Rumeenia trikoloor sai populaarseks sümboliks. See asendas ametlikult kommunistliku lipu 1990. aasta mais. Traditsioonilistel kujundustel põhinev uus Moldova vapp lisati sama aasta 3. novembril: Kotka rinnal on kilp, mille aurochide pea ümbritseb poolkuu, täht ja lill. Rumeenia Walachia territooriumi traditsiooniliseks embleemiks on kotkal tallis skept ja oliivioks ning kuklas rist. Kilbi punane, sinine ja kuldvärv peegeldavad rahvusvärvi. Lipp jäi ametlikuks ka pärast Moldova iseseisvumist 1991. aastal.
