Põhjaloom
Organisme leidub ohtralt mandrilava pinnasetetes ja sügavamates vetes, settes või pinnasel on neid palju. Madalas vees pakuvad mererohu voodid rikkalikku elupaika polüchaete-ussidele, koorikloomadele (nt kahepaiksed) ja kaladele. Lagede sette pinnal ja nende sees mõjutab loodeseisund enamikku loomade tegevust. Mitmetes fototsooni setetes on ainsad fotosünteesiorganismid aga mikroskoopilised põhjaga ränivetikad.
Bentilisi organisme saab liigitada suuruse järgi. Makrobentoseks on organismid, mille suurus on üle 1 millimeetri. Neid, mis söödavad settes orgaanilist ainet, nimetatakse hoiuste toitjaks (nt holotiurlased, ehhinoidid, kõhtloomad), ülaltoodud planktonist toituvad suspensioonisöötjad (nt kahepoolmelised, oopiuroidid, krinoidid) ja need, kes söödavad mujal loomastikku põhjakooslus on röövloomad (nt meritäht, meritigud). Meiobentose moodustavad 0,1–1 millimeetri suurused organismid. Need suuremad mikroobid, mille hulka kuuluvad foraminiferaanid, turbellid ja polükeedid, domineerivad sageli põhjaloomastiku toiduahelas, täites toitainete ringlussevõtu, lagundaja, esmase tootja ja röövlooma rolli. Mikrobentos on organismid, mille suurus on alla 1 millimeetri; nende hulka kuuluvad diatomid, bakterid ja tsiliaadid.
Orgaanilised ained lagunevad bakterite abil aeroobselt sette pinna lähedal, kus on ohtralt hapnikku. Hapniku tarbimine sellel tasemel jätab aga sügavamad hapnikukihid ja pinnakihi all olevad meresedad on anaeroobsed. Hapnikuga küllastunud kihi paksus varieerub vastavalt tera suurusele, mis määrab ära, kui põhjasegu on hapnikku läbilaskev ja selles sisalduva orgaanilise aine kogus. Hapniku kontsentratsiooni vähenedes hakkavad domineerima anaeroobsed protsessid. Hapniku- ja hapnikurikaste kihtide vahelist üleminekukihti nimetatakse redokskatkevuskihiks ja see ilmub halli kihina mustade anaeroobsete kihtide kohal. Organismid on välja arendanud hapnikuvaegusega toimetulemiseks mitmesuguseid viise. Mõned anaeroobid vabastavad metaboolsete protsesside käigus vesiniksulfiidi, ammoniaaki ja muid toksilisi redutseeritud ioone. Tiobiota, mis koosneb peamiselt mikroorganismidest, metaboliseerib väävlit. Enamik organisme, kes elavad redoksikihi all, peavad aga looma endale aeroobse keskkonna. Kuruvad loomad tekitavad oma urusüsteemi kaudu hingamisvoolu, et oma elukohad hapnikuga varustada; hapniku sissevoolu tuleb pidevalt säilitada, kuna ümbritsev anoksiline kiht kahandab kiiresti hapniku sissevoolu. Paljud kahepoolmelised (nt Mya arenaria) ulatuvad pikad sifoonid pinna lähedal hapnikuga rikastatud vetesse, nii et need saaksid taastuda ja toituda, jäädes settest sügavale röövloomade eest varju. Paljud suured molluskid kasutavad kaevamiseks lihaselist “jalga” ja mõnel juhul kasutavad nad seda kiskjatest, nagu meritäht, eemale tõukamiseks. Järgnev urusüsteemide „niisutamine” võib tekitada hapniku- ja toitainetevooge, mis stimuleerivad põhjatootjate tootmist (nt ränivetikad).
Mitte kõik põhjaorganismid ei ela setetes; teatavad põhjakoostud elavad kivisel aluspinnal. Vetikate mitmesugused füllid - Rhodophyta (punane), Chlorophyta (roheline) ja Phaeophyta (pruun) - on kivistel substraatidel asuvas fototsoonis ohtralt ja mitmekesised ning on olulised tootjad. Lagede vahel on vetikad kõige arvukamad ja kõige suuremad loodete lähedal. Efemeersed vetikad, nagu Ulva, Enteromorpha ja korallvetikad, hõlmavad laiaulatuslikke intertide. Mis tahes konkreetses piirkonnas leiduvate vetikaliikide segu sõltub laiuskraadist ja varieerub samuti sõltuvalt laine kokkupuutest ja karjatajate aktiivsusest. Näiteks ei saa Ascophyllumi eosed kivimi külge kinnituda isegi õrna ookeani tõusu ajal; selle tagajärjel on see taim piiratud peamiselt varjatud kallastega. Kiiremini kasvav taim - lisades pikkusele kuni 1 meeter päevas - on hiidvetikas, Macrocystis pyrifera, mida leidub subtidaalsetel kivistel riffidel. Need taimed, mille pikkus võib olla üle 30 meetri, iseloomustavad põhjaelustiku elupaiku paljudel parasvöötme riffidel. Suured laminaarsed ja fukoidvetikad on tavalised ka parasvöötme kivistel riffidel, koos põrkuva (nt Lithothamnion) või lühikese tuffimisvormiga (nt Pterocladia). Paljud kivised riffe hõlmavad vetikad koristatakse toiduks, väetiseks ja ravimiteks. Makrovetikad on suhteliselt haruldased troopilistel riffidel, kus leidub korallid, kuid Sargassum ja mitmekesine koosseis lühikestest kiud- ja tuhavetikatest on eriti rifriharjas. Harilikud ja aeglaselt liikuvad selgrootud on rifidel tavalised. Vahemiku- ja subtidaalses piirkonnas on rohusööjaid kõhusid ja merisiile rohkesti ning see võib vetikate levikule suurt mõju avaldada. Kakad on rohujuuretasandil tavalised istumatud loomad. Subtidaalsetes piirkondades on käsnad, astsiidid, merisiilid ja anemoonid eriti levinud, kui valguse tase langeb ja voolukiirus on suur. Loomade harilikud koosseisud on koobastes ja rändrahnude all sageli rikkad ja mitmekesised.
Reef-korallpolüübid (Scleractinia) on Cnidaria varjupaiga organismid, mis loovad lubjarikka substraadi, millel elavad mitmesugused organismid. Ligikaudu 700 koralliliiki leidub Vaikse ookeani ja India ookeanides ning need kuuluvad sellistesse perekondadesse nagu Porites, Acropora ja Montipora. Korallriffidel leidub mõnda maailma keerukaimat ökosüsteemi. Zooxanthellaes on fotosünteetilised üherakulised vetikad, mis elavad sümbiootiliselt korallide koes ja aitavad luua rifi tahket kaltsiumkarbonaatmaatriksit. Riffide ehitamiseks mõeldud korallid asuvad ainult vetes, mis on soojemad kui 18 ° C; korall-vetikakompleks kaltsiumkarbonaadi eritamiseks on vajalik sooja temperatuur koos kõrge valguse intensiivsusega. Paljud troopilised saared koosnevad täielikult sadadest meetritest korallidest ehitatud vulkaanilisest kivist.
Seosed pelaagiliste keskkondade ja põhjaelustiku vahel
Arvestades pelaagilise ja põhjakeskkonna keskkondi üksteisest eraldatuna, tuleks tegutseda ettevaatlikult, kuna need on omavahel mitmel viisil seotud. Näiteks pelaagiline plankton on oluline toiduallikas pehme või kivise põhjaga loomadele. Suspensioonisöötjad, näiteks anemoonid ja vöötkarbid, filtreerivad ümbritsevast veest elusad ja surnud osakesed, samal ajal kui detriidi söötjad karjatavad ülaltoodud veesammast sademete osakeste kogunemisel. Koorikloomade hallitus, planktoni väljaheited, surnud plankton ja mere lumi annavad kõik kaasa sademete vihmale pelaagilisest keskkonnast ookeani põhja. See sade võib teatud ilmastikuolude korral - näiteks El Niño tingimustes - olla nii intensiivne, et pehme põhjaga põhjaloomad lämmatatakse ja surevad. Samuti võib planktoni sadestumise määr varieeruda vastavalt hooajalistele tootmistsüklitele. See erinevus võib luua hooajalisuse abiootilises tsoonis, kus temperatuuri või valguse varieerumine on väike või puudub üldse. Kivimite vanuse ja päritolu määramiseks kasutatakse planktonit meresetetest ja kivistunud protistani planktoni mitmesuguseid tüüpe, näiteks foraminiferaane ja kokoliite.
