Kunagine Briti koloonia Seišellid iseseisvusid 29. juunil 1976. Sel ajal heisatud lipul olid vahelduvad sinise ja punase kolmnurgad, mida eraldas valge diagonaalrist. Võib-olla mitte juhuslikult, see lipp oli peaaegu täpselt sama, mida kasutas Australaasia Ameerika auru navigatsioonifirma, mille laevad külastasid saari regulaarselt 20. sajandi alguses. Lipp ei püsinud kaua: 5. juunil 1977 toimus Seišellide Rahva Ühendatud Partei (SPUP) juhtimisel revolutsioon. Uuel lipul olid punakas-üle-rohelised horisontaalsed triibud, mis olid eraldatud lainelise valge ribaga, mis oli sama mis SPUP-lipp, välja arvatud kollase päikese väljajätmine keskel.
1993. aastal viis võõrvõimude surve valitsuse demokratiseerimiseni. Valitsev partei kaotas valimistel oma monopoli ja teiste parteide osalemine valitsuses viis vähem parteiliste riigilipu nõudmiseni. Parlament kiitis heaks 18. juunil 1996 heisatud lipu kujunduse, mis hõlmab eri osapoolte värve. Lipu värvid on sinine (taeva ja mere jaoks), kollane (elustava päikese jaoks), punane (inimesed ja nende töö ühtsuse ja armastuse nimel), valge (sotsiaalse õigluse ja harmoonia jaoks) ja roheline (maa ja looduskeskkonna jaoks).
