Segase etnilise rahvastikuga Bosnia ei arendanud kunagi välja omapäraseid riiklikke sümboleid. Kommunistide juhitud Jugoslaavia all aastatel 1946–1991 näiteks kasutas Bosnia ja Hertsegoviina Sotsialistlik Vabariik kantonis lihtsalt punast linti Jugoslaavia riigilipu väikese versiooniga. Ajal, mil 3. märtsil 1992 kuulutati välja iseseisvus, ei eksisteerinud ühtegi lippu, mis oleks vastuvõetav riigi bosnialastele, serblastele ja horvaatidele. Seetõttu võttis Bosnia domineeriv valitsus vastu selle, mida ta lootis neutraalseks sümboliks kaugest minevikust. See valis kuningas Stjepan Tomaši (valitses 1443–61) kasutatud vapi, mille see omistati Bosnia keskaegsele suurimale valitsejale Tvrtko I (1377–91). See sinist kilpi valge diagonaalribaga, mis eraldas kuut kuldfleeri, oli asetatud valge lipu keskele. Kunstiline üleviimine, mis võeti ametlikult vastu 4. mail 1992, lõi Zvonimir Bebek.
Selle lipu lükkasid paljud horvaadid ja serblased tagasi, kui rahvas libises kodusõda. USA-s Ohios Daytonis allkirjastatud rahulepingud tunnistasid 1995. aasta lõpus riigi jagunemist Serbia Vabariigi ja Bosnia ja Hertsegoviina Föderatsiooni vahel, mida sageli nimetatakse Horvaatia-moslemite föderatsiooniks. Igal riigil olid oma sümbolid ja horvaadid jätkasid föderatsioonilipu asemel Horvaatia lipu kasutamist, kuid vabariigi 1992. aasta lippu tunnustati ikkagi rahvusvaheliselt.
1995. aasta kokkuleppes nõuti 1992. aasta kavandi asendamist lipuga, kuid siseriiklik seadusandja oli selles osas ebatõhus. Nii rajas ÜRO uue lipu (4. veebruar 1998), mida ei saanud sümboolselt siduda ühe etnilise, usulise või poliitilise rühmitusega.
