Kolmas sisehoov
Varikatusega Felicity värav viib kolmandasse sisehoovi ehk sisimasse sisehoovi, kus paiknesid sultani eramu ja sisepalee kool. Sisse pääsesid ainult sultan, tema pereliikmed, tema teenijad ja juhuslik kinnitatud külaline. Sultani külastajad said minna vaid auditooriumikotta ja nendelt oodati rangete tavade järgimist. Nad ei saanud silmast kontakti luua ega otse sultaniga rääkida, vaid hoopis lasksid oma pead alla, heitsid silmad allapoole ja rääkisid sultani tõlgiga.
Enne kui Murad III kolis oma elukoha haaremisse 16. sajandil, asusid sultani korterid hoone, mis sageli kannab nime Püha Religioonide Koda, kolmandas sisehoovis. Nimi tuleneb tema rollist islami säilmete, sealhulgas prohvet Muhamedi vahevöö, mõõga ja vibu hoidlana. Kõik need saadi siis, kui Selim I vallutas 1517 Egiptuses Mamlūkide dünastia, viies kalifaadi Osmanitele.
Kolmandas sisehoovis asuvad ka kuninglike lehtede ühiselamud, mis kuulusid sultani teenijate hierarhiasse. Enamik lehti värvati poistena vallutatud kristlikest elanikkondadest devşirme süsteemi kaudu, mille käigus poisid eemaldati perekonnast maksu või austusavalduse vormis. Pärast uute nimede saamist ja islamisse toomist määrati säravamatele poistele konkreetsed rollid ja nad said palka teenides range hariduse. Nad järgisid meritokraatiat ja võisid saada nii kõrgeid positsioone nagu suurvisiir, kuid paljud mehed vabastati 25-aastaselt ja nad abiellusid haaremi tüdruku või sultani tütrega. Kuninglike lehtede ühiselamutes asuvad nüüd keiserlike kogude osad. Näiteks sultanite portreed asuvad Privy Koja ühiselamus ja keiserlik riidekapp on Kampaaniate ühiselamus. Paljud mõlemas kollektsioonis olevad objektid tutvustavad palee käsitööliste oskusi, aga ka tehnika ja moe muutusi. Vaatajad saavad näha riietuse märkimisväärset muutust 19. sajandil näiteks garderoobi ja portreekogu kaudu, kui Euroopa sõjaväe rõivastus asendas sultani kaftani ja fez asendas turbani.
Üks lossi kuulsamaid kollektsioone on keiserlikud ehted, mis asuvad vallutaja paviljonis, ka kolmandas sisehoovis. Majandite hulka kuuluvad niinimetatud Spoonmakeri teemant, mis on üks suurimaid lõigatud teemante maailmas, ja smaragd Topkapı Dagger, mis oli intrigeeritud 1964. aasta kapparifilmis Topkapi. Nagu muuseumi kogu muud osad, on ehtekollektsiooni atesteerimine Ottomani impeeriumi suurele rikkusele.
Kolmanda hoovi keskpunkti hõivab sultan Ahmed III raamatukogu, mis on rikkalikult kaunistatud nagu paljud palee hooned maalitud plaatide, vitraažaknalde ja pärlmutrist ning elevandiluust sisestusega aknaluukidega. Raamatukogumik ühendati 20. sajandil teiste paleekirjanditega ja koliti Aghase mošee juurde, mis on lossi suurim mošee ja asub selle kõrval. Topkapı palee kollektsioonis on haruldased käsikirjad, illustreeritud köited ja Koraani varajased koopiad, mida kõik uurijad saavad lugemissaalis üle vaadata.
Neljas sisehoov
Kolmas sisehoov ulatub neljanda hoovini, mis koosneb peamiselt ridaelamutest ja paviljonidest. Selles asub lopsakalt kaunistatud ümberlõikamiskoda, Bagdadi paviljon ja Jerevani paviljon. Neljanda sisehoovi üks silmapaistvamaid ehitisi on omapärane kullatud-pronksine Iftar Pergola, kus sultanid murdaksid kiiresti, kui Ramadan suvel kukub. Paljud Ottomani sultanid tundsid huvi lillede ja aianduse vastu ning neljas siseõue aiad on tulpidega täidetud, nagu nad oleksid olnud Ottomani valitsusajal.
Haarem
Haarem oli sultani pere eluruum ja jaotati rangelt soo järgi. 16. sajandil sai sellest ka sultani residents, kui Murad III-l olid sinna ehitatud korterid. Nagu ülejäänud pale, renoveeriti haaremit pidevalt ja see kasvas vastavalt vajadusele. Tulemuseks on küllaltki pisike paigutus ja palju arhitektuuristiile.
Haaremi sisenemiseks või sealt väljumiseks pidid elanikud läbima musta eunuhhi sillutatud sisehoovi Peaväravani, mida nimetatakse ka kuninglikuks väravaks. Mustad eunuhhid valvasid haaremit ja neid osteti vallutatud maade orjaturgudel ja kastreeriti enne puberteediea algust. Nagu kuninglikud lehed said eunuhhid palka ja järgisid meritokraatiat, kuid erinevalt lehtedest vabastati kunagi vaid mõni üksik eunuhh. Selle hoovi ümber olid nende eluruumid, samuti laekurikojad ja vürstide kool.
Peavärava taga on kuninganna ema sillutatud hoov, haaremi suurim ja keskne sisehoov. Kuninganna ema oli haaremis võimu keskpunkt. Valideeritud sultaniks kutsutud naine oli peamine konsortsium, kelle poeg oli troonile tõusnud. Tal oli ka märkimisväärne mõju sultanile, kes peatub igal hommikul tema kesklinnas asuvates korterites, et teda riigiasjadest teavitada.
Sultani korterid ühendati kuninganna ema korteritega läbi valge marmorise kahekordse hamamiga, Türgi vanniga. Hamami üks külg oli reserveeritud sultanile ja teine haaremi naistele. Ülejäänud sultani elukohas on troonisaal ja kolm salakambrit. Murad III Privy tuba on haaremis vanim ja paremini säilinud hoone ning selle on projekteerinud Ottomani impeeriumi üks kuulsamaid arhitekte Sinan. Kupliga ruum on kaunilt sisustatud İzniku plaatide ja Koraani salme jutustava kalligraafiaga. Veel ühe varjatud toa, mida nimetatakse puuviljatoaks, lisas Ahmed III ja see on ebatavaliselt kaunistatud delikaatselt lakitud puuviljade ja lilledega.
Ka sultani pojad, tütred, vennad ja õed elasid haaremis ja hõivasid ühe haaremi sadadest tubadest. Näiteks Kaksikpaviljonid olid tõenäoliselt sultani poegade eluruumid, mis algasid 18. sajandil.
Haremil olid ka naissoost teenijate, liignaiste ja sultani peakonsorti eluruumid ning tubadesse pääsesid peavärava lähedal asuvate liignaiste galerii kaudu. Paljud neist naistest tulid kingituseks või ostsid orjaturult, kui nad olid noored tüdrukud, ja nagu ülejäänud palee teenijad, järgisid nad ka meritokraatiat. Nad tegid palga ja väljaõppe ajal teenindavaid ülesandeid, et saada kas ühele lehele naine või sultani liignaine. Kui naine valitakse liignaiseks, võib noor naine tõusta kõrgemale ja saada paremaid majutusvõimalusi, nii et kui ta sünnitab sultanil lapse. Kui laps oli troonilt tõusnud mees, võtab liignaine siis haaremi võimsaima positsiooni kuninganna-emana. Enamik haaremi tüdrukuid vabastati siiski 16 või 17-aastaselt ja nad abiellusid pärast väljaõpet.
