Ehkki Panamas, kui see oli 19. sajandil Colombia, toimusid separatistlikud liikumised, polnud Panamani tunnustatud lippu. 1903. aastal, kui Colombia senat lükkas tagasi USA-ga sõlmitud lepingu, mis oleks ette näinud Panama kanali ehitamise, aitasid ameeriklased Panamani iseseisvusliikumist ja moodustati Panama Vabariik.
Algselt pakuti välja lipu kujundus, milles kasutati Colombia lipu värve. See koosnes punastest ja kollastest võrdsetest horisontaalsetest ribadest koos sinise kantoniga, millel oli kaks ühendatud kollast päikest, mis sümboliseerib planeedi kahe poole ühendamist tulevase Panama kanaliga. Lõplikult valitud lipu kujundus sai ametlikuks 4. juulil 1904; see jagati kord kvartalis kahe tärniga. Sellele omistatud sümboolika seisnes kahe peamise valitsuspartei vaheldumises (algselt oli punane liberaalide jaoks, sinine konservatiivide jaoks ja valge nendevahelise rahu jaoks), ehkki värvid ja tähed vihjasid selgelt Valgevene lipu mõjule. Ameerika Ühendriigid. Panama lipu kujundas uue vabariigi esimese presidendi poeg Manuel E. Amador.
