Guinea ja Cabo Verde iseseisvuse Aafrika Partei (PAIGC) leidis neis Portugali kolooniates valmis tuge oma sõnumile sotsiaalse ja majandusliku arengu edendamiseks poliitilise revolutsiooni kaudu. 1961. aastal võttis ta vastu lipu, mis sarnanes mõnevõrra naaberriikide Guinea ja Ghana lipuriikidega, kes arutasid seejärel Lääne-Aafrika maade tulevast föderatsiooni. Nende üleaafrikalisele punakollasele-rohelisele lisas Guinea-Bissau vabastamisliikumine tõstukiribale musta tähe. See triip ja täht vastasid geograafiliselt lääneranniku piirkonnale oma pealinna Bissauga (millest rahvuslik nimi tuletati). Lipu ülejäänud osas olevad horisontaalsed ribad ning nende kollane ja roheline värv vastasid umbkaudu põhjaosa savannidele ja lõunapoolsetele metsadele.
Ametlikult öeldi, et must täht on PAIGC juhtkonna sümbol, selle värv viitab Aafrika rahvale ja nende kindlameelsusele elada väärikalt, vabalt ja rahu. Kollane tõlgendati nii põllumajanduses kui ka mujal saagi ja töö viljade sümbolina. Green tuletas meelde tohutuid džungleid ja põllumajandusmaad, mis pakkusid elatist enamusele kodanikele. Partei lipp sisaldas ka initsiaale PAIGC, mis jäeti ära iseseisvuse väljakuulutamisel 24. septembril 1973. Portugal tunnustas Guinea-Bissaut ega tema lippu alles pärast omaenda revolutsiooni 1974. aastal; sellest hoolimata oli suur osa Guinea-Bissaust juba PAIGC ja tema lipu all. Cabo Verde loobus lõpuks PAIGC marksistlikust poliitikast ja muutis riigilippu, kuid Guinea-Bissau säilitas originaalse kujunduse.
